Nga një auditim të kryer nga Kontrolli i Lartë i Shtetit është konstatuar se reforma Administrative-Territoriale nuk ka përmbushur objektivat: legjislacioni i ri nuk zbatohet plotësisht; procesi i përthithjes së funksioneve të reja, punonjësve, aktiveve dhe rritja e cilësisë së shërbimeve nuk është arritur të realizohet me sukses. Krahasuar me praktikat evropiane, në Shqipëri procesi ka qenë invers, pra jo vetëm që janë shmangur hallkat e një shqyrtimi të thellë parlamentar e ligjor, por reforma territoriale është miratuar si fillim i një procesi, dhe nuk ka qenë një rezultat apo produkt i një zinxhiri procesesh dhe shqyrtimesh ligjore, administrative, sociale dhe gjeo-kulturore..
Në komponentin e ndarjes territoriale, KLSH vëren se konfigurimi ri i kufijve administrativë të bashkive nuk është bazuar në kritere të qarta dhe specifike, të tillë si kriteri minimal i popullsisë apo distancës periferi-qendër, duke krijuar një asimetri të kufijve bashkiakë, mes veriut(amalgamim) dhe jugut(framgentarizim) por edhe mes bashkive brenda një rajoni. Ky konstatim i KLSH është lehtësisht i verifikueshëm me sy të lirë, nëse sheh hartën administrative të Shqipërsië. P.sh, në jug kemi bashki Memaliaj dhe bashki Tepelenë, që ndonëse si territor janë ngjitur me njëra tjetrën janë lënë bashki më vete, ndërsa në veri, p.sh..Shkodra përfshin një territor të gjerë nga Velipoja bregdetare deri në kufij të Malësisë së Madhe. Ky fenomen rezulton edhe në qarkun Tiranë, ku Paskuqani i eshtë lënë bashkisë Kamëz ndonëse si distance të afërt ka bashkinë Tiranë. Nëse do të përdorej një kriter popullsie, psh., bashki me popullsi minimale 200 mijë banor, për Tiranën do të kishte së paku 4 bashki.
Në komponentin e ndarjes administrative, KLSH vëren se kjo refornë ka sjellë një centralizim të decentralizimit pasi ka humbur përfaqësimi lokal i periferisë dhe nuk ka pasqyruar thelbin e një reformë administrative- territoriale, e cila ndërmerret për të reformuar shërbimet publike kah efiçiencës dhe efektivitetit. Në aspektin e respektimit të parimit të autonomisë vendore, reforma administrativo-territoriale është hartuar pa marrë parasysh vullnetin vendor të qytetarëve, përmes referendumit, duke shkelur Nenin 5 të Kartës Europiane të Autonomisë Vendore “Mbrojtja e Kufijve territoriale të bashkësive vendore”. Në këtë konfigurim të ri, bashkitë përballen me dy sfida kryesore: Së pari, me një territor të ri e të panjohur që rezulton të jetë jashtë rrezes së zgjatimit administrativ të bashkive, për shkak të terrenit të thyer në zonat veriore (Shkodër) dhe zigzageve të kufijve administrative të Tiranës (banorët e ish- komunave të Tiranës kalojnë në territorin e Bashkisë Kamëz për të arritur në Bashkinë Tiranë). Së dyti, më kompetenca të reja dhe problematike, për shkak se e fondet e akorduara nuk janë proporcionale me buxhetin që realisht i duhet bashkive për t’i ushtruar si dhe me mungesë investimesh për zonat e ish-komunave që u janë bashkëngjitur bashkive të reja.
Lidhur me thelbin e autonomisë financiare, vetë raportet e Ministrisë së Financave per vitin 2020 tregojnë se mbi 70% e bashkive vlerësohet të paraqesin varësi të lartë financiare apo autonomi të ulët në periudhën e konsideruar, me përjashtim te Bashkise Tiranë, të ardhurat e së cilës zene 58% të totalit të 61 bashkive, kryesisht nga taksa e ndikimit në infrastrukturë.